Tiga hari setelah ziarah, beliau sakit selama beberapa hari dan kemudian wafat. Beliau dimakamkan di Pemakaman Baqi' Madinah pada tahun 1943.
Setelah beberapa tahun dari wafatnya, makam beliau dibongkar untuk menguburkan orang lain yang baru saja meninggal dunia.
Betapa terkejutnya orang-orang melihat dan menemukan jasad Syeikh Isa Al-Bayanuni masih utuh.
Bagaimana jasad beliau tetap utuh? Rupanya beliau berkata dalam Syairnya: جسد تمكن حب أحمد فيه تالله إن الأرض لا تبليه "Jasad yang menyimpan cinta pada Ahmad (Nabi Muhammad), demi Allah tak akan pernah dimakan bumi." أو كيف يبليه التراب وحبه في قلبه ومدحه في فيه "Atau bagaimana tanah akan memakannya, sedangkan cinta pada Nabi ada di hatinya, pujiannya ada di lisannya.
" أكثر عليه من الصلاة فإنها نور لقبرك عند ما تأويه "Perbanyaklah Sholawat kepada Nabi, sesungguhnya sholawatmu akan menjadi cahaya dalam kubur saat kau memasukinya.
Editor : Joko Piroso